El Panathinaikos fichó a Zeljko Obradovic en el verano de 1999 para dar el salto definitivo y tutear en Europa a los grandes clubes, Real Madrid, CSKA y Maccabi y los dos mejores equipos italianos de esa época, Treviso y Virtus Bolonia.
Obradovic había sido campeón con el Treviso de la Recopa en 1999 precisamente y dio dos títulos continentales al equipo griego. El primero fue en el 2000, el último de la Copa de Europa de la FIBA:
En el 2002, volvían a lo más alto del podio ya jugando la Euroliga actual pues no participaron en la del 2001, como el Maccabi, pues ambos clubes se quedaron en la Suproliga de la FIBA tras el cisma en el baloncesto europeo:
Tocaba reinventarse en los siguientes años y cambiar piezas en la plantilla. Diamantidis fue convirtiéndose en el líder y formó una gran dupla con Batiste.
En el 2007, nuevo entorchado:
En el 2009, repetían de nuevo:
